En ces points, le débarquement et l’embarquement des marchandises et des passagers s’effectuaient par transbordement sur des pirogues qui assuraient la liaison entre les navires mouillant en rades foraines et le rivage. On enregistrait alors beaucoup de pertes (y compris en vies humaines) et d’avaries.

Puis en 1891, le wharf fut construit à Cotonou. C’était une passerelle métallique avancée dans la mer jusqu’au-delà de la zone perturbée par la barre ; ainsi les opérations pouvaient se faire dans une eau relativement calme.

En raison de la sécurité et de la rapidité qu’elle offrait pour le transbordement, cette porte d’accès maritime supplanta rapidement Ouidah et Grand-Popo. Une flottille de 8 chaloups et 26 barcasses faisaient la navette entre les navires encrés en rade et l’aplomb des grues, à l’extrémités du wharf.

Cet ouvrage, d’une longueur de 400 mètres, a subi des améliorations en 1910, puis en 1926, 1928 et a permis d’assurer un trafic en progression. En 10 ans, on a assisté à un doublement du trafic, qui devait atteindre 304 000 en 1960. L’idée d’une solution moderne à ce problème s’imposa alors.

La construction de la première partie du Port a fait l’objet de nombreuses études réalisées par le Bureau Central d’Etudes des Equipements d’Outre-mer (BCEOM) et la Société Grenobloise des Etudes d’Aménagement Hydraulique (SOGREAH) et diverses missions de 1952 à 1959. L’examen approfondi des différentes solutions (Port à accumulation de sable, Port à transit artificiel de sable et Port-îlot) a abouti pour des raisons économiques et politiques aux choix du Port à accumulation de sable, en eau profonde à Cotonou.

Ce type de Port a la prophétie de créer un plan d’eau calme et d’arrêter, grâce à, l’ouvrage de protection Ouest, le sable du transit littoral ; il permet d’utiliser la zone de remblai gagnée sur la mer pour des extensions du Port vers l’Ouest. A l’Est, par contre, il faut prévoir des ouvrages pour lutter contre l’érosion.

Les travaux relatifs à cette première partie confiés à deux groupes d’Entreprises, ont été réalisés de Novembre 1959 à Juin 1965. La cérémonie officielle d’inauguration a eu lieu le 1er Août 1965.

Le besoin d’une extension s’étant avérée une nécessité dès 1972, eu égard au trafic sans cesse croissant du Port de Cotonou, l’étude de l’agrandissement a été confié au BCEOM.

Les ouvrages issus de cette étude sont implantés sur les terrains précédemment gagnés à l’Ouest du Port.

Les travaux d’extension commencés en Mars 1979 on pris fin en 1983.

Après la première extension du Port, extension qui a doublé les capacités de traitement du trafic, le Port Autonome de Cotonou avec l’appui des Autorités Nationales, s’est attelé à l’amélioration de la productivité et du service rendu.